新语丝网站由方舟子等海外华人于1996年创办，由方舟子和其他一些志愿者编辑管理。后来一些编辑与方舟子起了冲突，于是1997年发生了新语丝分裂事件：方舟子在没有征求别人意见的情况下，单方面在纽约州注册了《新语丝》，并决定了董事会的三名成员，将与其有矛盾的编辑排除在董事会之外。这些编辑愤而退出。方舟子从此控制了新语丝网站。方舟子则辩解称，事先已约定由其注册《新语丝》，故不是单方面。网站上设有“新到资料”、“电子文库”、 “鲁迅家页”、“立此存照”等主要栏目，并设有“读书论坛”和“科技论坛”供网人讨论。目前新语丝主网站被中国政府技术性屏蔽，使得中国大陆用户不能直接访问，但可以访问新语丝在中国大陆的镜像网站。新语丝上除了有丰富的文史资料，还登载很多关于科学普及，揭批学术腐败，反伪科学，揭露不实新闻，批判中医、邪教及基督教的文章。目前，在新语丝上新发表的所有文章大部分来自读者投稿，也有一些摘自网人博客和其它媒体。这些文章都由方舟子选择及更新，有时还在转载的文章前加上自己的按语，所以网站极具个人特色。方舟子并不讳言新语丝的倾向性，但自认为还算是比较公正，并曾解释说只要符合一定原则的文章一般也会刊出，但宣扬或同情“种族主义、法西斯主义、恐怖主义、沙文主义、民族歧视、性别歧视、宗教迷信、反科学、反理性、反民主、反人道、反人权”的内容都不登。
